Seminar: Aktuelle Themen der Systembiologie

Masterstudiengang Bioinformatik, Modul M-BI-S, ECTS: 5 CP

Das Seminar dient der Vertiefung von Algorithmen und Themen der Bioinformatik, die derzeit Forschungsschwerpunkt sind. Dazu werden aktuelle Publikationen besprochen.

Das Seminar wird in Präsenz stattfinden. Es wird maximal vier Blöcke mit jeweils zwei bis vier Vorträgen geben, immer mittwochs zwischen 14 c.t. und 17 c.t. im HS 15 auf dem Campus Bockenheim. Die genauen Termine werden nach der Einführungsveranstaltung bekanntgegeben.

Die Einführungsveranstaltung findet am Mittwoch, den 16.10.2024, um 14:00 im HS 15 auf dem Campus Bockenheim statt. Es werden Formate und die nächsten Termine besprochen werden. Die Artikel werden bis 28.10.2024 ausgegeben.

Die Anmeldung erfolgt ausschließlich in der Einführungsveranstaltung.

Es besteht Anwesenheitspflicht für ALLE Veranstaltungen.

Seminar-Termine zu AktThSB 24/25, immer ab 14 c.t. im HS 15

Termine     Vortragende/r   

   Paper   

   Opponent/in   

   Moderator/in  
13.11.2024

 

 Timur

 Ege

 Ischa

 SB exchange formats

 SBML1: DOI 10.15252/msb.20199110

 SBML2: DOI 10.15252/msb.20199110

 SBGN: DOI  10.1038/nbt1558

 

 Maxim

 Eren

 alle

 

 Ina

 Daulet

 Phillip
20.11.2024

 

 Yakun

 Valentin

 Data bases

 KEGG1: DOI 10.1002/pro.3715

 KEGG2: DOI 10.1093/nar/gkac963

 

 Timur

 Ege

 

 Tim

 Maxim
04.12.2024

 

 Niklas

 Jülide

 Piravinth

 Petri nets

 PN basics1: cdn.aaai.org/ISMB/1993/ISMB93-038.pdf

 PN basics2: cdn.aaai.org/ISMB/1993/ISMB93-038

 PN potato: DOI 10.1093/bioinformatics/bti145

 

  Yakun

  Velentin

  Ischa

 

 Timur

 Ege

 Eren

11.12.2024

 

 Anna

 Jörn

 Alejandra

 Petri nets

 PN moularization: DOI 10.1186/1471-2105-9-90 

 PN MCTS:            DOI 10.1186/1471-2105-7-482

 PN pheromon:      DOI 10.1186/1471-2105-7-482

  

 Niklas

 Jülide

 Piravinth

 

 Yakun

 Valentin

 Ischa

15.01.2025

 

 Marie Elise

 Daulet

 Phillip

 Petri nets

 PN reduction:   DOI 10.3390/metabo3030673

 PN Salmonella: DOI 10.1371/journal.pcbi.1005200

 PN knockout:    DOI 10.1371/journal.pcbi.1005200

 

 Anna

 Jörn

 Alejandra

 

 Niklas

 Jülide

 Piravinth

22.01.2025

 

Tim

 Maxim

 Petri nets

 PN manatee: DOI 10.1186/s12918-017-0448-7

 PN TNFR1   : DOI 10.1371/journal.pcbi.1010383

 

 Marie Elise

 Daulet

 

 Anna

 Jörn

05.02.2025

 Eren

 Timmi

 Petri nets

 PN lymph node: DOI 10.3390/biomedicines11020452

 PN timed:          DOI 10.3390/metabo5040766

 

Phillip

 Tim

 

 Alejandra

 Marie Elise

Vorbesprechungen, immer im SR 9


Timur, Ege, Ischa              am 05.11.2024 um 15:00

             
Yakun, Valentin                 am 12.11.2024 um 13:00


Niklas, Jülide, Piravanth     am 25.11.2024 um 15:00

Anna, Jörn, Alejandra        am 03.12.2024 um 13:00

Marie Elise, Daulet, Phillip  am 17.12.2024 um 13:00

Tim, Maxim                      am 14.01.2025 um 13:00

Eren, Timmi                     am 21.01.2025 um 13:00

Regeln zum Seminar: Aktuelle Themen der Systembiologue (AktThSB WS 24/25)

Prof. Dr. Ina Koch

· Es sollen Journal-Artikel erarbeitet und im Seminar vorgestellt werden. Die Teilnahme ist an jeder Veranstaltung ist Pflicht.
· Der Vortrag (auf Englisch, ebenso wie die Folien, maximal 20 Minuten) soll auf die Motivation, Methode und Ergebnisse eingehen sowie eine eigene Bewertung beinhalten.
· Die Vortragenden sind Opponenten beim nächsten Vortrag. Opponenten des ersten Vortrags sind die letzten Vortragenden. Opponenten müssen mindestens drei Fragen stellen, d.h., sie müssen sich ebenfalls mit dem Paper beschäftigen.
· Die Vortragenden sind Moderatoren beim übernächsten Vortrag. Jede/r moderiert dann einen Vortrag. Beim ersten Mal übernimmt die/er Lehrende die Moderation.
· Jeder muss mindestens eine Frage pro Vortrag stellen, auch die/er Moderator/in und die/der Seminarleiter/in.  
· Über das Paper soll ein Essay von drei Seiten auf Deutsch oder Englisch verfasst werden, ohne Abbildungen, ohne Tabellen, ohne Literaturreferenzen. Die erste Seite stellt ein Deckblatt dar mit Angaben zum Paper (Titel, Autoren, Journal) und dem/r Verfasser/in des Essays.
  Das Essay soll eine knappe Abhandlung mit einener Meinung zum Thema des Papers, der Datenbank usw. sein.
· Die Vortragsfolien und das Essay sind bis spätestens eine Woche nach dem Vortrag per Mail bei der Seminarleiterin einzureichen.
· Jeweils eine Woche vor dem Vortrag treffen sich die Vortragenden mit der Seminarleiterin nach individueller Terminvereinbarung und besprechen den Vortrag. Zu diesem Termin sollen die Folien fertig sein.
· Am Schluss jedes Seminars bewerten Sie die Vorträge nach folgenden Kriterien:
     Was war gut? Was kann man verbessern?
 

Inhalt und Aufbau des Vortrags

Folien (Rechtschreibfehler)

Vortragsweise (frei, deutlich, laut genug)

Beantwortung der Fragen